Lorsque l'on debug dans Eclipse et que les sources ne sont pas connues, le fichier .class est ouvert. Pour avoir la classe du fichier .java, il suffit de dire à Eclipse où aller chercher.
Aller dans la vue de debug : Window/Show View/Debug
Puis faire un clic droit sur le projet et choisir Edit Source Lookup...
Sélectionnez Default et cliquez sur Add.../Java Project et choisir le projet contenant les sources
Maintenant lorsqu'un point d'arrêt est rencontré vous pouvez éditer la classe, c'est quand même plus pratique